为探索能够预测免疫检查点阻断(ICB)反应的生物标志物,研究团队开发了多种数据库和网络平台。这些资源不仅汇集了转录组数据、总生存期、活检时间点和免疫反应等信息,还整合了其他临床数据,用于生存分析、肿瘤微环境中免疫细胞的解卷积,以及差异表达基因分析等研究。本文将详细介绍几个主要数据库的特点及其提供的功能和分析工具。
01 ICBAtlas
ICBAtlas 是一个专注于ICB疗法的数据库,整合了来自25个公共数据库的1,515名癌症患者的数据,涵盖9种癌症类型。该平台提供了分析基因表达差异的工具,能够定义响应评分以评估治疗效果,并研究肿瘤微环境中免疫细胞的浸润情况。用户可以在基因、癌症类型或免疫检查点的层面上探索数据,帮助识别潜在的生物标志物,从而促进个性化癌症免疫治疗的研究与改进。ICBAtlas 为研究人员免费提供使用。
02 TIDETIDE
TIDETIDE分数是一种预测ICB疗法反应的计算方法,旨在通过分析肿瘤免疫功能障碍和排斥特征来克服免疫疗法样本量小的问题。该方法利用189项人类癌症研究中的33,197个非ICB治疗样本,计算每个基因与细胞毒性T细胞水平之间的相互作用,并采用标准化的Wald检验得分来预测患者对PD-L1治疗的反应。研究结果显示,TIDETIDE 在黑色素瘤患者中的预测性能超越其他已知生物标志物,但目前其适用性主要限于黑色素瘤和非小细胞肺癌。TIDETIDE网站提供公共转录组数据集的访问权限,同时支持TIDETIDE分数的分析工具。
03 ICB-Portal
ICB-Portal是一个综合平台,提供现有ICB疗法反应生物标志物的基准测试结果和详细分析,允许研究人员在线测试自定义生物标志物以预测治疗效果。该平台基于29个转录组数据集,涵盖了5种癌症类型中超过1,400名患者的数据,评估了39个转录组生物标志物和48个评分系统的效能。
04 TIGERTIGER
TIGER(肿瘤免疫治疗基因表达资源)是一个整合了单细胞转录组数据,提供广泛分析模块以预测ICB疗法反应的平台。它包含来自18个bulk转录组数据集的超过1,500个带有临床结果的肿瘤样本,以及超过210万个来自655个样本的免疫细胞单细胞测序数据,展示免疫细胞亚群的全貌。TIGER支持用户探索相关通路、轨迹映射及反应预测等功能。
05 IOhub
综上所述,多个数据库和分析工具的构建为研究免疫检查点阻断反应的生物标志物提供了极大的便利。这些平台不仅推动了相关领域的研究发展,也为个性化治疗方案的制定提供了重要的数据支持。作为生物医疗行业的一部分,平台如Z6·尊龙凯时在优化免疫治疗研究的过程中,也将不断为推动行业进步贡献力量。